早年
1914年（民国三年）5月7日，叶飞生于菲律宾奎松省一个中菲混血家庭，家中次子，菲律宾名为西思托·麦卡尔托·迪翁戈。
1918年（民国七年），叶飞5岁被其父送回中国。
1926年（民国十五年），叶飞起先后就读于厦门中山中学和省立第十三中学（现福建省厦门第一中学）。
1928年（民国十七年）5月，叶飞加入中国共产主义青年团，年底，担任共青团福建省委宣传部部长、代理团省委书记。年底离校从事秘密革命工作。
1929年（民国十八年），起任共青团福建省委宣传部部长和代理书记、福州中心市委书记。其间曾被捕入狱。
1932年（民国二十一年）3月，转入中国共产党。
1933年（民国二十二年），到闽东参与创建闽东革命根据地和红军游击队。
1934年（民国二十三年）3月，叶飞在中共福建省委遭到破坏、与中共中央失去联系的情况下，以特派员的身份，果断地主持召开会议，重建中共闽东特委，并成立中国工农红军闽东独立师。
1935年（民国二十四年），叶飞起任中共闽东特委书记、闽东军政委员会主席兼红军闽东独立师政治委员，领导军民坚持了极其艰苦的三年游击战争。其间先后率部在闽浙边取得沙埕、桃杭等战斗的胜利，多次挫败国民党军的“清剿”，并在闽东地区恢复和重建了多块游击区。
抗日战争时期
1937年（民国二十六年），抗日战争爆发后，闽东红军改编为新四军，历任新四军第三支队第六团团长。
1939年（民国二十八年）5月，叶飞奉命率团与无锡、江阴等地游击队合编为江南抗日义勇军，任副指挥。6月指挥夜袭浒墅关车站，使宁沪铁路线一度中断。7月下旬突袭上海虹桥日军机场，烧毁敌机4架。后与丹阳游击纵队合编为新四军挺进纵队，任纵队政治委员兼副司令员，旋即北渡长江，在扬州、泰州地区开展抗日斗争，参与开辟苏北抗日根据地。
1940年（民国二十九年）7月，任新四军苏北指挥部第1纵队司令员兼政治委员。十月在黄桥战役中，率部适时出击，经3小时激战，全歼国民党顽固派军队韩德勤部独立第6旅，并协同兄弟部队歼灭韩部主力第89军。
1941年（民国三十年）皖南事变后，叶飞任新四军第1师第1旅旅长兼政治委员和苏中第3分区中共地委书记、副师长，参与指挥苏中地区反“扫荡”、反“清剿”和反“清乡”作战。
1944年（民国三十三年）3月，叶飞指挥车桥战役，以围点打援的战法，歼灭日伪军近千人，打通了与苏北、淮南、淮北地区的战略联系。
1945年（民国三十四年），叶飞起任第1师师长兼苏中军区司令员和中共苏中区委书记、苏浙军区副司令员，参与指挥天目山反击战。
解放战争初期，任山东野战军第1纵队司令员，率部收复泰安、大汶口，参加胶济路反击战和宿北、鲁南战役。
1947年（民国三十六年）2月，起任华东野战军第1纵队司令员兼政治委员、第1兵团副司令员兼第1纵队司令员，率部参加了莱芜、孟良崮、豫东、济南、淮海等重要战役。
1949年2月，叶飞任第三野战军第10兵团司令员。4月参加渡江战役，率部解放丹阳、常州、无锡和苏州。5月参加上海战役后，率10兵团进军福建，先后发起福州、漳（州）厦（门）战役。8月兼任福建军区司令员，组织指挥部队清剿国民党残余武装和土匪。
新中国成立后
1949年10月24日，新中国成立的第24天，人民解放军28军下属三个团共九千余人渡海进攻金门，在叶飞主导的指挥体系指挥下发起金门战役，在岛上苦战三昼夜，因后援不继，损失惨重，败退。
1953年，叶飞起任中共福建省委第二书记，南京军区副司令员，福州军区司令员，中共中央华东局书记处书记。在主持福建省工作期间，建立了第一批新兴工业基地，并大力发展农业、交通运输、水利电力和文化教育事业。
1956年6月，时任福建省省长的叶飞当选为中共福建省委第一书记。8月，叶飞任福州军区首任司令员兼政治委员。
1957年9月，韩先楚担任司令员，叶飞专任政治委员。作为福建省党政军主要领导人，叶飞把工作重心和主要精力放在抓福建的社会主义革命和建设方面。
1958年，中央决定炮击金门，毛泽东仍点将叶飞将军指挥。其时叶飞已任福建省委书记，福州军区司令员职由韩先楚将军接任。
“文革”开始后，叶飞即被诬为“福建走资本主义道路的当权派”，遭到冲击、监禁。
1975年1月，恢复工作并出任国家交通部部长，全面整顿生产秩序，努力振兴国家交通事业。
1975年，中国和菲律宾建交。菲总统马科斯访华，送周恩来总理数盒雪茄。总理取一盒转送叶飞将军，曰：“叶飞同志是中国的将军，也是菲律宾的儿子。”[1]
1979年，调任人民解放军海军第一政治委员。
1980年1月至1982年8月，任海军司令员。
1983年10月至1988年8月，兼任华侨大学校长。
1988年8月至1999年4月，任华侨大学名誉校长。
1999年4月18日，因病在北京逝世，享年85岁。
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